Zwykłe życie ucznia liceum Ayato Kaminy zostaje zburzone, gdy Tokio nagle atakują futurystyczne samoloty myśliwskie. Pośród zamieszania spotyka kobietę o imieniu Haruka Shitow, która twierdzi, że należy do rządowej agencji znanej jako TERRA. Informuje go, że przebywa on wewnątrz bąbla czasowego nazwanego „Tokyo Jupiter”, utworzonego przez Mulianów – humanoidy z innego wymiaru – w celu izolacji i przejęcia kontroli nad Tokio. TERRA od tego czasu próbuje przebić barierę otaczającą miasto. Przytłoczony tą informacją, Ayato wpada w panikę i ucieka. Napotyka swoją koleżankę z klasy, Reikę Mishimę, która prowadzi go do miejsca zwanego „Świątynią Xephon”, gdzie spoczywa ogromne jajko. Zaczyna śpiewać, a w Ayato budzi się nieznana moc, łącząca go z bytem zwanym RahXephonem, który wybija się z jajka. Niedługo potem Haruka ponownie go znajduje i próbuje przekonać do dołączenia do jej kampanii przeciwko Mulianom. Zdruzgotany między Mulianami a TERRA, Ayato zaczyna kwestionować swój cel, poruszając się przez zmienione wspomnienia i ostatecznie własną tożsamość w tym chaotycznym nowym świecie.