Minęło niewiele czasu od ostatniego starcia Magicznych Rycerzy z „Mashin” księżniczki Emeraude. Nadal prześladowana przez śmierć księżniczki, Hikaru Shidou wraca na Wieżę Tokijską. Tam po raz pierwszy od swojej spontanicznej wyprawy, by uratować Cephiro, spotyka swoje przyjaciółki Umi Ryuuzaki i Fuu Hououji. Dręczona koszmarami o krainie, którą opuściła, Hikaru z ulgą odkrywa, że jej towarzyszki również chcą wrócić i służyć królestwu, które kiedyś tak wiernie chroniły. Życzenie Magicznych Rycerzy zostaje spełnione, ponieważ na szczycie Wieży Tokujskiej trójka zostaje oślepiona tym samym wielkim światłem, które widziały w dniu, gdy po raz pierwszy się spotkały. Znowu na grzbiecie latającej ryby grupa wraca do Cephiro – świata, który teraz jest pusty i zrujnowany. Po upadku mocy Filaru potwory swobodnie błąkają się po ziemi, podczas gdy trzy narody dążą do aneksji Cephiro, licząc na przejęcie Filaru dla siebie. Do tego dochodzi tajemnicza Lady Debonair, która ogłasza się prawowitą spadkobierczynią upadłego kraju. Stając teraz w obliczu poważniejszych stawek i radykalnie różnych wrogów, trójka Magicznych Rycerzy wyrusza ponownie, by uratować Cephiro i przywrócić pokój. Dzięki więzom, które zbudowali razem, trójka stoi zjednoczona w obliczu tak wielkiego wyzwania.