Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki i Fuu Hououji to obce sobie dziewczęta, które los łączy podczas pozornie zwyczajnej wycieczki szkolnej na Wieżę Tokyo. Wraz z olśniewającym błyskiem światła słyszą błagającą prośbę tajemniczej kobiety o uratowanie „Cephiro”, a uczennice szkoły podstawowej zostają nagle porwane przez olbrzymią latającą rybę. Następnie trafiają do nieznanej krainy, gdzie spotykają mężczyznę zwanego Mistrzem Magiem Clef. Clef informuje dziewczęta, że zostały wezwane przez księżniczkę Emeraudę, aby spełnić swoje przeznaczenie jako Magiczne Rycerzynie i przywrócić pokój oraz równowagę w Cephiro. Dawniej tętniąca życiem i spokojna kraina popadła w chaos od czasu, gdy Wielki Kapłan Zagato uwięził księżniczkę, która stanowiła filar stabilności Cephiro. Magiczne Rycerzynie niechętnie przyjmują słowa Clefa za prawdę i wyruszają w podróż, aby ocalić Cephiro przed szponami zła.