Trzy licealistki — ognista Hikaru Shidou, dumna Umi Ryuuzaki i łagodna Fuu Hououji — właśnie spotkały się na Wieży w Tokio, gdy usłyszały krzyk o pomoc, który wciągnął je do innego świata. Wkrótce witają je Guru Clef, młodego wyglądającego mężczyzna, który informuje je, że są legendarnymi Magicznymi Rycerzami wezwanymi przez Księżniczkę Emeraudę, aby uratować tę magiczną krainę znaną jako Cephiro. Podczas gdy Hikaru fascynuje ta perspektywa, Umi i Fuu po prostu chcą wrócić do swojego świata. Niestety, Clef wyjaśnia, że nie mogą wrócić do domu, dopóki nie uratują Cephiro i nie wypędzą potworów, które je nękają. Aby to zrobić, muszą uwolnić Księżniczkę Emeraudę z rąk potężnego Lorda Zagato. Aby mieć szansę przeciwko niemu, muszą wskrzesić tajemnicze istoty zwane Bogami Run. Gdy Clef obdarza trójkę zbrojami i magią, jeden ze sług Zagato atakuje, zmuszając guru do wysłania dziewcząt do kuśnierza Presea i podobnego do królika przewodnika Mokona, którzy mogą dalej wyposażyć je w podróż. Choć mają jeszcze daleką drogę do przebycia, Hikaru, Umi i Fuu pokażą, że mają to, czego potrzebują, aby sprostać swoim tytułom Magicznych Rycerzy i przynieść zbawienie Cephiro.