Trzy licealistki — gorącozakręcona Hikaru Shidou, arogancka Umi Ryuuzaki i łagodna Fuu Hououji — spotykają się na Wieży Tokio, gdy krzyk o pomoc wciąga je do innego świata. Niedługo potem witają je Guru Clef, młodego wyglądającego mężczyzna, który informuje je, że są legendarnymi Magicznymi Rycerzami wezwanymi przez Księżniczkę Emeraudę, aby uratować magiczne królestwo Cephiro. Podczas gdy Hikaru fascynuje ta perspektywa, Umi i Fuu po prostu chcą wrócić do swojego świata. Niestety Clef wyjaśnia, że nie mogą wrócić do domu, dopóki nie uratują Cephiro i nie wypędzą potworów, które je nękają. Aby to zrobić, muszą uwolnić Księżniczkę Emeraudę z rąk potężnego Lorda Zagato. Aby mieć szansę przeciwko niemu, muszą wskrzesić tajemnicze istoty zwane Bogami Run. Gdy Clef nadaje trójce zbroje i magię, jeden z sług Zagato atakuje, zmuszając gurua do wysłania dziewczyn do kowala broni Presea i przypominającego królika przewodnika Mokona, którzy mogą dalej wyposażyć je na podróż. Choć mają jeszcze daleką drogę do przebycia, Hikaru, Umi i Fuu pokażą, że mają to, czego potrzebują, aby sprostać swoim tytułom Magicznych Rycerzy i przynieść zbawienie Cephiro.