Dawno temu rasa zwana Cienistymi Aniołami najechała Ziemię, aby pozyskać siłę życiową jej mieszkańców. Dzięki pewnemu nieprawdopodobnemu cudowi Cieniste Anioły wpadły w stan uśpienia, co pozwoliło ludzkości przetrwać kolejne 12 000 lat bez obaw przed ich obecnością. Jednak 11 lat po katastrofie znanej jako Święta Geneza, która zniszczyła Ziemię, Cieniste Anioły obudziły się ze swojego snu i wznowiły ataki. Aby dać ludzkości szansę na walkę, utworzono organizację o nazwie DEAVA i zatwierdzono użycie robotycznej broni zwanej Aquarion. Aby w pełni aktywować Aquariona, trzech pilotów musi połączyć swoje serca, ciała i dusze w jedno – wyczyn, którego mało kto może się spodziewać. W związku z tym priorytetem stało się poszukiwanie tak zwanych „Użytkowników Elementów”, w nadziei na zabezpieczenie przyszłości ludzkości. Sousei no Aquarion opowiada historię Apolla, młodego człowieka o dzikim usposobieniu, wychowanego w biedzie, który uważany jest za wcielenie legendarnego bohatera. Po tym, jak jego najlepszy przyjaciel zostaje porwany przez Cieniste Anioły, Apollo postanawia zostać pilotem Aquariona. Czy będzie w stanie odwrócić bieg wojny i uwolnić ludzkość od zagrożenia ze strony Cienistych Aniołów raz na zawsze?