12 000 lat po wydarzeniach z Genesis Aquarion ludzie mieszkają na gwiazdzie Wega pod stałym zagrożeniem ze strony międzywymiarowych istot znanych jako Porwacze. Przeciwnicy ci pochodzą z siostrzanej gwiazdy Wega – Altair – i napadają na Wega w celu porwania ludzi. Jako środek przeciwdziałania utworzono organizację o nazwie Neo-DEAVA, mającą na celu walkę z Porwaczami. Piloci sterują zaawansowanymi kombinezonami mecha zwanymi Aquaria i są rygorystycznie segregowani według płci. Chłopcom i dziewczętom zabroniono kontaktu; nawet nie mogą walczyć na tym samym polu bitwy. Jednak wydarzenia przybierają szokujący obrót, gdy do walki włącza się zaawansowany mecha Porwacza. Dwóch nastolatków, Mikono i Amata, zostają wciągnięci w konflikt. Nieświadomie Amata łamie tabu, przywołując Aquarię i inicjując to, co nazywane jest Zakazanym Związkiem między męską a żeńską Aquarią. Neo-DEAVA jest wstrząśnięta, a konsekwencje działań Amaty sięgają znacznie dalej, niż sobie wyobraża. Jak udało mu się przywołać Aquarię? Gdzie nauczył się tworzyć Zakazany Związek? I dlaczego Mikono również potrafiła sterować tym mecha?