12 000 lat po wydarzeniach z Sousei no Aquarion ludzkość zagrożona jest przez nowego wroga z innego wymiaru, określanego mianem "Abductors", którzy, podobnie jak Shadow Angels, najazdami na miasta ludzkie porwają ich mieszkańców. W celu obrony ludzkości przed tą inwazją organizacja Neo-DEAVA tworzy dwie drużyny, jedną złożoną wyłącznie z mężczyzn, a drugą wyłącznie z kobiet, z których każda pilotuje własne gigantyczne maszyny zwane "Aquaria". Aby chronić swoją nową przyjaciółkę Mikono, nastolatek Amata Sora postanawia użyć mocy, które przez całe życie trzymał w sekrecie, a poprzez połączenie Vectorów z pilotami obu płci w jedną, potężną robotyczną jednostkę, legendarny gigant Aquarion powstaje ponownie.