Akcja Sousei no Aquarion Evol rozgrywa się wiosną 1966 roku. Shin Tsukishima, który zmierza po krystalowy odbiornik radiowy, napotyka Yuno Kawazu, dziewczynę płaczącą na plaży w Izu. Kierując się Księgą Rodzaju, Shin i Yuno spotykają się w połowie drogi. Granice między trzema światami zaczynają się zniekształcać.