W niedalekiej przyszłości ludzkość osiągnęła poziom, na którym możliwe są całkowite przeszczepy ciała z tkanki biologicznej na maszynę. Pozwala to na znaczną poprawę zarówno zdolności fizycznych, jak i cybernetycznych, rozmywając granice między tymi dwoma światami. Jednak przestępcy mogą również wykorzystywać tę technologię, co prowadzi do nowych, a czasem bardzo niebezpiecznych przestępstw. W odpowiedzi na te innowacyjne metody rząd japoński utworzył Sekcję 9, niezależną jednostkę policyjną zajmującą się takimi wysoce poufnymi sprawami. Pod przywództwem Daisuke Aramaki i Motoko Kusanagi Sekcja 9 zajmuje się tymi przestępstwami na całym spektrum społecznym, zazwyczaj z sukcesem. Jednak gdy konfrontują się z nowym hakerem klasy A, przezwany "Śmiejącym się Mężczyzną", zespół zostaje wciągnięty w niebezpieczną grę kot i mysz, śledząc ślady hakera, które pozostawiają swoje piętno na Japonii.