W ciemnym, podziemnym mieście Lux mieszkańcy żyją w strachu i rozpaczy pod panowaniem różnych frakcji przestępczych. Prawie odcięte od powierzchni, gangu mają jedynie kontakt ze światem zewnętrznym poprzez wydobycie „raffii”, która jest sensem istnienia miasta. Ta rzadka substancja, dostępna wyłącznie w Lux, stanowi podstawę transplantacji „texhnolyze”, które pozwalają ludziom zastępować części swojego ciała cybernetycznymi protezami. Te ostatnie mają szczególną cechę: nie wywołują reakcji odpornościowej u nosicieli, a „Class” ma przywilej prowadzenia badań nad nimi. Ta elitarne organizacja, również odpowiedzialna za produkcję raffii, deleguje swoją władzę wykonawczą do grupy o nazwie Organo, kierowanej przez Keigo Oonishiego — człowieka o texhnolizowanych nogach, który ma słyszeć „głos miasta”. Kruchy balans sił w Lux zostaje zakłócony, gdy tajemniczy gość o imieniu Kazuho Yoshii zaczyna popełniać serię przestępstw, które doprowadzają do walki gangów między sobą. Wśród chaosu pojawiają się nowi aktorzy: Ichise, był bokser okaleczony przez Organo i niedawno texhnolizowany przez Erikę „Doc” Kamata; oraz Ran, młoda florystka, która potrafi widzieć przyszłość. Gdy Lux stopniowo pogrąża się w szaleństwie, zarówno Ichise, jak i Ran stają się częścią największego kryzysu, jaki kiedykolwiek dotknął to miasto.