W 2029 roku miasto Niihama przekształciło się w zaawansowaną technologicznie metropolię. Dzięki znacznym postępom w cybernetyce obywatele mogą zastępować swoje kończyny komponentami robotycznymi. Świat jest bardziej połączony niż kiedykolwiek, a Sekcja 9 Bezpieczeństwa Publicznego miasta ma za zadanie zwalczać korupcję, terroryzm oraz inne niebezpieczne zagrożenia wynikające z tej zmiany w kierunku globalizacji. Majer Motoko Kusanagi z Sekcji 9, silna woli przywódczyni, prowadzi sprawę związaną z tajemniczym hakerem znanym jedynie jako „Mistrz Lalek”, który pozostawia po sobie ofiary pozbawione pamięci. Podobnie jak wielu innych w tym futurystycznym otoczeniu, ciało Mistrza Lalek jest niemal w całości robotyczne, co nadaje mu ogromną moc. Gdy Motoko i jej podwładni śledzą enigmatycznego przestępcę, inne grupy – w tym Sekcja 6 – zaczynają interweniować, zmuszając ją do zmierzenia się z ekstremalną złożonością sprawy. Rozmyślając nad pytaniami filozoficznymi, takimi jak sens jej własnego życia, Motoko wkrótce uświadamia sobie, że odpowiedzi na nie dostarczy sam Mistrz Lalek.