Rune Balot to zubożała nastoletnia prostytutka w mieście Mardock. Pewnego dnia przyjmuje ją Shell, ambitny menedżer kasyna, który zapewnia jej wszystko, czego pragnie. Odrodzona dzięki sfabrykowanej niewinności, sfabrykowanej przeszłości i sztuczному życiu, które jej nadał Shell, Balot czuje wdzięczność. Jednak nie może powstrzymać swojej ciekawości co do jego motywów, dla których traktuje ją tak dobrze, więc bada jego historię na komputerze. Okazuje się to błędem, który drastycznie zmieni jej życie. Po odkryciu jej działań Shell próbuje spalić ją żywcem, detonując jej samochód. Ze względu na wysoki poziom przestępczości w Mardocku, nowy prawo znane jako „Scramble 09” przyznaje policji nieograniczone uprawnienia do stosowania ekstremalnych i w inny sposób nielegalnych środków w celu przywrócenia świadków przestępstw do życia. Mając to na uwadze, pozwalają profesorowi przywrócić Balot z krawędzi śmierci, odbudowując jej całe ciało za pomocą wzmocnionego włókna syntetycznego. Gdy w końcu się budzi, jej zamieszany stan umysłu stopniowo przechodzi w pragnienie zemsty, gdy okazuje się, że Shell jest jej mordercą.