Akcja rozgrywa się w 2029 roku, w okresie po III i IV wojnie światowej, gdy azjatycki blok pod przywództwem Japonii dominuje w sprawach globalnych. Sojusz ten utrzymuje swoją międzynarodową przewagę dzięki elitarnemu siłowi bezpieczeństwa, którego cybernetycznie wzmocnieni agenci stają czoło różnym terrorystom wykorzystującym zaawansowane technologie oraz innym zagrożeniom dla bezpieczeństwa międzynarodowego. Ci wzmocnieni agenci potrafią „ghost hackować” – czyli przesyłać swoją świadomość – poprzez obecnie powszechnie dostępny internet do innych maszyn oraz hybryd człowiek/maszyna. Majer Motoko Kusanagi, cybernetycznie wzmocniona agentka, śledzi wirtualną encję znaną jako Mistrz Lalek wraz z elitarną drużyną agentów bezpieczeństwa. Zmiennokształtny Mistrz Lalek, nielegalne stworzenie rywalizującej agencji w ramach aparatu bezpieczeństwa, doszedł do wniosku, że jest żywą istotą we własnym prawach, „urodzoną w morzu informacji”, i zażądał azylu politycznego oraz prawdziwego fizycznego istnienia wbrew swoim twórcom.