Gdy major Motoko Kusanagi znika, Batou z Sekcji 9 zostaje powołany do zbadania serii okrutnych morderstw – rzekomo popełnionych przez uszkodzone giny, czyli roboty seksualne. Jednak gdy wadliwa gina zostawia Batouowi zagadkową wiadomość, zaczyna on kwestionować przyczyny ich awarii. Wzrost podejrzeń o zabójstwa o podłożu politycznym oraz nielegalny „ghost” wkrótce pociągają Batoua i jego partnera Togusę w niebezpieczną sieć spisku. W miarę postępu śledztwa granica między człowiekiem a maszyną staje się coraz bardziej rozmyta, czyniąc rzeczywistość i postrzeganie nierozróżnialnymi. Stojąc twarzą w twarz z dziwnymi i niebezpiecznymi przeciwnikami, Batou i Togusa poruszają się po futurystycznym świecie zamieszkanym przez maszyny i żywe lalki, który jednak całkowicie pozbawiony jest ludzkości.