W celu zebrania informacji o nieśmiertelności, naukowcy z całego świata zgromadzili się, aby badać „Bramę Niebios” – grób przekształcony w laboratorium mitycznego króla Gilgamesza. Jednak wkrótce badania uznaje się za nieetyczne, a wszystkie zaplanowane prace zostają wstrzymane. Grupa terrorystów nie zwraca na to uwagi i szturmuję Bramę Niebios, co ostatecznie powoduje wybuch prowadzący do załamania zaawansowanej cywilizacji informacyjnej. Wiele lat po incydencie rodzeństwo Tatsuya i Kiyoko Madoka uciekają przed bandytami. Jednak wydaje się, że jest to najmniejszy z ich problemów, gdy znajdują się w samym środku wojny między dwiema potężnymi, tajemniczymi frakcjami. Ponieważ obie grupy twierdzą, że walczą dla poprawy społeczeństwa, Tatsuya i Kiyoko muszą znaleźć sposób, aby zdecydować, komu zaufać.