Akcja rozgrywa się w roku 2030 w fikcyjnym japońskim mieście New Port. Stand Alone Complex śledzi losy członków Sekcji 9 Bezpieczeństwa Publicznego. Ta specjalna grupa operacyjna składa się z byłych oficerów wojskowych i detektywów policji. Manga opisuje poszczególne sprawy badane przez Sekcję 9, a także ciągłe, poważniejsze śledztwo w sprawie seryjnego mordercy i hakerskiego znanego tylko jako „Śmiejący się Mężczyzna”.