Gdzieś we Władywostoku w Rosji transakcja została pomyślnie zakończona. Nad horyzontem wisie niebezpieczeństwo; śmiertelny wirus – zdolny do zabicia w ciągu trzech godzin od zakażenia – trafił teraz w ręce tajemniczej kobiety o imieniu Maya. Wchodzi Fujimaru Takagi, pozornie zwykły uczeń Akademii Mishiro w Japonii. Jednak bardzo mało osób wie, że słynął z ujawniania przestępstw i korupcji wysoko postawionych osób dzięki swoim genialnym umiejętnościom hakerskim – był to słynny „Sokół”, który nagle zniknął z cyberprzestrzeni. Tylko członkowie Third-I, tajnego oddziału Agencji Bezpieczeństwa Publicznego kierowanego przez ojca Fujimaru, Ryunosuke, oraz jego przyjaciela Otoya Kujou, wiedzą o jego przeszłości. Gdy agent KGB zostaje zamordowany w Japonii, jedyną wskazówką dotyczącą jego śmierci jest chip pamięci znaleziony na miejscu zbrodni. Fujimaru zostaje werbowany przez Third-I, aby zdekodować chip, który zawiera plik wideo z wydarzenia zwanego „Rzeź Bożonarodzeniowa”. Badając sprawę dalej, ojciec Fujimaru odkrywa więcej informacji o morderstwie i tajemniczym kodzie „Bloody Monday”, zanim zostaje oskarżony o zamordowanie swojego przełożonego. Teraz to haker Fujimaru musi wykorzystać swoją wiedzę, aby pomóc Third-I zapobiec rozprzestrzenianiu się terroru i zniszczeń w Japonii, jednocześnie próbując oczyścić imię swojego ojca.