W niedalekiej przyszłości, w 2032 roku, granica między ludźmi a maszynami została przekroczona. Zbrodnie popełniane przez cyborgów z mięsa i metalu są śledzone przez Sekcję 9, elitarną jednostkę antyterrorystyczną pod dowództwem szefa Aramaki i jego cyborgowej asystentki, Major Motoko Kusanagi. Sekcja 9 stawiła czoła niezliczonym przeciwnikom zarówno w świecie rzeczywistym, jak i w cyberprzestrzeni, ale żaden nie był taki jak 'Obudzony'. Uważa się, że ta śmiertelnie niebezpieczna grupa terrorystyczna może przejąć kontrolę nad umysłami i ciałami prawie każdego. Używani jako narzędzia do popełniania zbrodni przeciwko państwu, ofiary nie wiedzą, kto lub co nimi kieruje. Gdy Major Kusanagi aresztuje jedną z ofiar, włamuje się do jego cybermózgu, aby poznać tożsamość przywódcy – to, co odkrywa, prowadzi ją w podróż głęboko w serce cyberprzestrzeni, podróż, która wstrząsa nią do głębi.