Rok 2034. Minęły dwa lata od czasu, gdy Motoko Kusanagi opuściła Sekcję 9. Togusa prowadzi teraz zespół, który znacznie powiększył swój skład. Poszerzona Sekcja 9 zajmuje się falą skomplikowanych incydentów, a śledztwa ujawniają, że za całą serię wydarzeń odpowiada ultraczarodziej hakerski znany jako Marionetkarz. W tym czasie Batou, który śledzi sprawę osobno, napotyka Motoko. Ona odchodzi, ostrzegając: "Trzymajcie się z dala od Solid State Society". Batou zostaje z trwającą wątpliwością. Czy Motoko może być Marionetkarzem? Seria intrygujących incydentów, z którymi mierzy się Sekcja 9, stopniowo łączy się w niemal artystyczny sposób. Kim jest Marionetkarz? Co stanie się z relacją Batou z Motoko? Jaka jest pełna prawda za tym starannie zaplanowanym idealnym przestępstwem? I jaki będzie wynik? Tajemnice otaczają Solid State Society...