Zbrodnia jest ponadczasowa. W roku 2071 ludzkość rozprzestrzeniła się po galaktyce, pokrywając powierzchnie innych planet osadami podobnymi do tych na Ziemi. Te nowe społeczeństwa są dręczone morderstwami, używaniem narkotyków i kradzieżami, a międzygwiezdnych przestępców polują coraz liczniejsi, twardzi łowcy nagród. Spike Spiegel i Jet Black polują na przestępców w przestrzeni kosmicznej, aby zarabiać skromnie na życie. Pod jego głupkowatą i obojętną powierzchownością Spike jest prześladowany ciężarem swojej gwałtownej przeszłości. Tymczasem Jet radzi sobie ze swoimi własnymi kłopotliwymi wspomnieniami, dbając o Spike'a i Bebopa, ich statek. Do duetu dołącza piękna oszustka Faye Valentine, dziwny chłopiec Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV oraz Ein, bioinżynieryjny walijski corgi. Podczas gdy rozwijają więzi i pracują nad schwytaniem kolorowego grona przestępców, życie załogi Bebopa zostaje zakłócone przez zagrożenie z przeszłości Spike'a. Gdy szalony plan rywala nadal się rozwija, Spike musi wybrać między życiem ze swoją nowo odkrytą rodziną a zemstą za stare rany.