Fuu Kasumi to młoda, niezgrabna kelnerka, która spędza dni w spokoju pracując w małej herbaciarni. Aż do momentu, gdy przypadkowo rozleje napój na jednym z klientów! Gdy grupa samurajów zaczyna ją nieustannie nękać, Fuu w desperacji woła o pomoc innego samuraja znajdującego się w lokalu, Mugena, który szybko pokonuje ich, używając dzikiej techniki walki, wykorzystującej ruchy przypominające breakdance. Niestety, Mugen postanawia wywołać walkę z niechętnym roninem Jinem, który posługuje się bardziej precyzyjnym i tradycyjnym stylem walki mieczem, a ten okazuje się być formidabilnym przeciwnikiem. Jedynym problemem jest to, że w wyniku walki niszczą cały lokal, a także przypadkowo zabijają syna lokalnego urzędnika. Za swoje przestępstwo dwaj samurajowie zostają schwytani i skazani na śmierć. Jednak zostają uratowani przez Fuu, która wynajmuje ich jako swoich ochroniarzy. Choć nie ma już miejsca, do którego mogłaby wrócić, byłą kelnerką kieruje chęć znalezienia pewnego samuraja, który pachnie słonecznikami, i prosi teraz uniewinnioną dwójkę o pomoc w tym przedsięwzięciu. Mimo że początkowo nie zgadzają się z tym pomysłem, ostatecznie decydują się pomóc dziewczynie w jej poszukiwaniach; w ten sposób trójka wyrusza w przygodę, by odnaleźć tego tajemniczego wojownika – pod warunkiem, że Fuu uda się powstrzymać Mugena i Jina przed zabiciem się nawzajem. Akcja Samurai Champloo rozgrywa się w alternatywnej epoce Edo w Japonii i śledzi podróż tych trzech ekscentrycznych postaci w epickiej przygodzie pełnej akcji, komedii i dynamicznych walk mieczami, wszystko w rytmie unikalnej ścieżki dźwiękowej inspirowanej hip-hopem.