Minął rok od Czarnej Rebelii, nieudanego powstania przeciwko Świętemu Cesarstwu Brytannii, które poprowadził zamaskowany zemsta Zero, obecnie zaginiony. Pozbawieni przywódcy rewolucji, Czarni Rycerze – grupa oporu z Obszaru 11 – okazują się zbyt słabi, by przeciwstawić się brutalności, z jaką Brytannia traktuje Elevensów, która znacznie się nasiliła, by stłumić wszelką nadzieję na przyszłe powstanie. Lelouch Lamperouge, tracąc całą pamięć o swoim podwójnym życiu, żyje spokojnie wraz z przyjaciółmi jako uczeń szkoły średniej w Akademii Ashford. Jego byłą partnerka C.C., nie mogąc zaakceptować takiego zwrotu spraw, bierze na siebie zadanie przypominania mu o jego przeszłym celu, licząc, że mistrzowski umysł Zero ponownie się podniesie, by dokończyć to, co zaczął.