Świat Duel Monsters ewoluuje ponownie dzięki rozwojowi sieci o nazwie Link Vrains oraz wprowadzeniu nowego mechanizmu przywoływania zwanego Link Summoning. Korzystając z tej cyfrowej przestrzeni, duelistów mogą tworzyć własne awatary i walczyć o chwałę w rzeczywistości wirtualnej. Jednak, podobnie jak świat rzeczywisty, świat cyfrowy nie jest wolny od wojen, konfliktów i tajemnic. Kilka lat temu organizacja hakerów znana jako Rycerze z Hanoi przeprowadziła atak na Link Vrains. Pod wodzą anonimowego Revolvera ich celem było zniszczenie programu sztucznej inteligencji znanego jako Cyberse. Po nieudanym ataku jeden z ich celów, Ignis, zdołał uciec i ukryć Cyberse gdzieś w sieci. Pięć lat później, uczeń liceum Yuusaku Fujiki napotyka dziwny program sztucznej inteligencji podczas walki w Link Vrains. Pod przykrywką swojego awatara o imieniu Playmaker, Yuusaku i jego wspólnik Shouichi Kusanagi postanawiają połączyć siły z tym niezwykłym bytem. W poszukiwaniu prawdy za tajemniczym incydentem z przeszłości, Yuusaku walczy przeciwko Rycerzom z Hanoi i SOL Technologies w wyścigu, który może zmienić los świata.