Yuusei Fudou jest zdeterminowany, by odzyskać to, co mu skradziono. Świat walk kartowych ewoluował, a Riding Duels stały się najwyższą formą rozrywki dla mieszkańców Neo Domino City. Walki te odbywają się na D-Wheels, hybrydzie Duel Disks i motocykli. Po tym, jak utalentowany mechanicznie Yuusei zbudował własny D-Wheel, jego były przyjaciel Jack Atlas skradł go wraz z najlepszą kartą Yuusei, Stardust Dragon; porzucając zrujnowane miasto Satellite, uciekł do Neo Domino City. W ciągu dwóch lat, które upłynęły, Jack awansował na szczyt świata walk kartowych, podczas gdy Yuusei przygotowywał się przy pomocy swoich przyjaciół. Teraz, gdy jego nowy D-Wheel jest gotowy, wyrusza do Neo Domino City, a jego jedynym celem jest znalezienie Jacka. Niezależnie od ich wiedzy, w grze są o wiele większe stawki, niż mogą sobie wyobrazić, a za kulisami ciągną za sznurki marionetkarze.