Wciąż dążąc do swoich ambitnych celów, sprytna handlarzka bronią Koko Hekmatyar, stoicki dziecięcy żołnierz Jonathan „Jonah” Mar oraz reszta ich oddziału kontynuują pracę najemników. Od profesjonalnych zabójców po prywatne firmy wojskowe, zadania grupy stale wystawiają ją na niebezpieczeństwo. Jednak wkrótce pojawiają się wewnętrzne konflikty, gdy Renato „R” Socci, jeden z ochroniarzy Koko, okazuje się tajnym agentem „Operacji Undershaft” – planu wymyślonego przez CIA, mającego na celu infiltrację HCLI i wykorzystanie Koko jako narzędzia. Zszokowana jego zdradą, przywództwo Koko jest teraz potrzebne bardziej niż kiedykolwiek, aby zjednoczyć jej oddział i odbudować fundament zaufania, zanim zostaną rozerwani. Jormungand: Perfect Order śledzi Koko i resztę jej załogi, gdy stawią czoła uporczywym przeciwnikom, pokonają wewnętrzne walki i zrealizują wizję Koko pokoju na świecie – gdzie wszystko jest w idealnym porządku.