Minął rok od śmierci człowieka uważanego za najgorszego cesarza Brytanii, a świat doświadczył bezprecedensowego pokoju pod przywództwem Zjednoczonego Związku Narodów. Jednak ta delikatna cisza zostaje złamana, gdy uzbrojeni bojownicy porywają byłą księżniczkę Nunnally vi Britannia oraz Suzaku Kururugi, głównego doradcę Czarnych Rycerzy, co wywołuje międzynarodowy kryzys. Potężne i niegodne zaufania Królestwo Zilkhstanu zostaje oskarżone o zorganizowanie ich porwania. Aby to zbadać, globalne władze wysyłają Kallen Stadtfeld i jej współpracowników na tajną misję do tego kraju. Tam spotykają nieśmiertelną wiedźmę C.C., która dąży do ukończenia wskrzeszenia człowieka odpowiedzialnego za największą rewolucję w historii — legendy, która wstanie, przejmie dowodzenie i ponownie uratuje świat przed niebezpieczeństwem.