Obiecując spełnienie każdej życzenia, wszechmogący Święty Graal wywołał trzy wojny w przeszłości, z których każda była tak brutalna i zaciekła, że nie przyniosła zwycięzcy. Mimo to zamożna rodzina Einzbernów jest przekonana, że Czwarta Wojna o Święty Graal będzie inna; konkretnie dlatego, że teraz posiadają naczynie dla Świętego Graala. Z tego jedynego powodu nienawidzony "Morderca Magów" Kiritsugu Emiya zostaje wynajęty przez rodzinę Einzbernów, a małżeństwo z ich jedyną córką, Irisviel, stanowi wiążącą umowę. Kiritsugu znajduje się teraz w centrum krwawej gry o przetrwanie, mierząc się z sześcioma innymi uczestnikami, z których każdy dysponuje starożytnym sługą i jest napędzany przez unikalne pragnienia i ideały. Towarzyszy mu jego własny sługa, Saber, a ten notoryczny najemnik szybko identyfikuje swojego największego przeciwnika w osobie Kirei Kotomine, księdza, który tropi Kiritsugua w poszukiwaniu zbawienia od pustki wewnątrz siebie. Na podstawie powieści light novel autorstwa Gena Urobuchi, Fate/Zero przedstawia wydarzenia Czwartej Wojny o Święty Graal – 10 lat przed Fate/stay night. Obserwuj bitwę, w której nikomu nie gwarantuje się przetrwania.