Wojna o Święty Graal — dążąc do mocy "Świętego Graala", który spełnia cuda, to konkurs, w którym siedmiu magów przywołuje siedmiu Dusz Bohaterów, aby rywalizować o niego. W tej walce, której zakończenie zostało trzykrotnie odroczone, teraz ponownie rozpoczyna się czwarta wojna. Zaufawszy swojemu najdroższemu pragnieniu zwycięstwa, magowie dołączyli do pola walki zwanego "Fuyuki", ale wśród nich był mężczyzna, który zawsze był samotny i nie mógł znaleźć sensu swoich walk. Jego imię to Kotomine Kirei. Nie rozumiejąc prowadzenia przeznaczenia, Kirei był zgubiony i ciągle zadawał sobie pytanie: Dlaczego ktoś taki jak on otrzymał Pieczęcie Rozkazu? Jednak przeznaczenie jego walk skrzyżowało drogę Kirei z wrogiem przez przypadek. Ta osoba to — Emiya Kiritsugu. Mężczyzna, który był bardziej surowy niż ktokolwiek inny, bardziej bezlitosny niż ktokolwiek inny, i który szukał cudu Świętego Graala. Tylko fragmentarycznie wspomniane w Fate/stay night, to jest Czwarta Wojna o Święty Graal sprzed 10 lat. Prawda, która ukazała się za walką między ojcem chrzestnym Shirou, ojcem Rin i młodszym Kotomine Kirei, jest wreszcie ujawniona...