Odkrycie hiperbramy na Księżycu kiedyś pozwoliło ludzkości na teleportację na Marsa. Ci, którzy zdecydowali się tam osiedlić, wydobyli technologię znacznie bardziej zaawansowaną niż ta na ich planecie macierzystej, którą nazwali „Aldnoah”. To odkrycie doprowadziło do założenia Verskiego Imperium Marsa i wypowiedzenia wojny „Terranom”, czyli tym, którzy pozostali na Ziemi. Jednak bitwa na Księżycu – później nazwana „Upadkiem Niebios” – spowodowała wybuch hiperbramy, zniszczenie Księżyca i doprowadziła do zawarcia niepewnego rozejmu między obiema planetami. Ich pokój był jednak kruchy. Piętnaście lat później uczeń szkoły średniej Inaho Kaizuka jest świadkiem zaplanowanego zamachu na księżniczkę Verskiego Imperium Asseylum Vers Allusia, która przybyła na Ziemię w nadziei na naprawę relacji między imperium a jego ojczyzną. Rozejm zostaje złamany, a Marsjanie ponownie ogłaszają wojnę Terranom. Stojąc w obliczu tego nie do pokonania wroga, Inaho i jego przyjaciele muszą teraz walczyć z Verskim Imperium, aby raz na zawsze zakończyć wojnę.