Na przełomie XX i XXI wieku w Japonii powstał Instytut Badań Kurobe przy Organizacji Narodów Zjednoczonych, aby zbadać starożytny artefakt odkryty podczas budowy zapory Kurobe. Naukowcy z całego świata zgromadzili się w tej placówce, by badać obiekt, podczas gdy ich dzieci prowadzą zwykłe życie, uczęszczając do Międzynarodowego Liceum na Górze Tate. Yukina Shirahane, nieśmiała licealistka, jest córką głównego naukowca placówki. Podczas wizyty u matki w instytucie Yukina udaje się rozwiązać część zagadki związanej z artefaktem. Do jej zdumienia, przed nią pojawia się Kennosuke Tokisada Ouma, młody samuraj z ery Sengoku. Gdy nadchodzi zagrożenie z przestrzeni kosmicznej, Yukina wraz z Kennosuke’em broni Ziemi przed inwazyjnymi siłami. W trakcie tej przygody odkrywa tajemnicę otaczającą Kennosuke’a oraz powód, dla którego jest tak zdeterminowany, by ją chronić.