Podczas misji Apollo 17 na Księżyc w 1972 roku ludzkość odkryła dziwną hiperbramę prowadzącą na Marsa. Po wejściu do niej astronauci znaleźli starożytną technologię zwaną „Aldnoah”, która wkrótce spowodowała masową migrację na planetę i powstanie Cesarstwa Vers, mającego rządzić Marsem. Potomkowie tej nowej cywilizacji zaczęli żywić urazę wobec ziemian za ich obfitość zasobów. Ta uraza doprowadziła do wypowiedzenia wojny, która zakończyła się zniszczeniem hiperbramy w słynnym „Upadku Niebios”. Skutki były katastrofalne: Księżyc został zniszczony, a Ziemia ucierpiała nieodwracalnie na skutek wielokrotnych uderzeń meteorów, trzęsień ziemi i tsunami. Piętnaście lat później zawieszenie broni ustanowiło kruchy pokój. Księżniczka Asseylum Vers Allusia przybywa na Ziemię, aby promować trwałą przyjaźń między obiema rasami. Jednak nie wszyscy są zadowoleni z nagłego zakończenia pierwszej bitwy; pewne siły czekały na ten moment, by zapalić iskrę nowej wojny. Gdy terroryści próbują zamordować młodą księżniczkę, marsjańscy żołnierze odpowiadają, rozpoczynając atak, zstępując z kosmosu, gotowi raz na zawsze zniewolić mieszkańców Ziemi.