Osiemnaście miesięcy po wydarzeniach z oryginalnego science-fictionowego thrillera psychologicznego Akane Tsunemori nadal pełni obowiązki inspektora, egzekwując wyroki systemu Sibyl. Dołącza do niej nowych egzekutorów oraz młodszy inspektor Mika Shimotsuki, młoda kobieta, która jest ślepo i sztywno lojalna wobec Sibyl. Gdy Akane zastanawia się nad naturą swojej pracy i legalnością wyroków Sibyl, pojawia się niepokojące nowe zagrożenie. Tajemnicza postać odkryła sposób na kontrolę Współczynnika Zbrodni – liczby tworzonej na podstawie skanów umysłu, która pozwala Sibyl oceniać zdrowie psychiczne i identyfikować potencjalnych przestępców. Dzięki tym środkom jest w stanie zamordować egzekutora, zostawiając po sobie krypticzną wskazówkę: „WC?” napisaną krwią na ścianie. Akane i reszta Działu 01 wkrótce okazuje się, że gra w śmiertelną grę przeciwko swojemu nowemu wrogowi, stając twarzą w twarz ze spiskiem, który zagraża nie tylko autorytetowi systemu Sibyl, ale także samemu fundamentowi przekonań Akane.