Na zewnątrz SEES — Specjalistyczna Zespół Wykonawczy Pozaszkolnych Zadań — wydaje się być całkowicie zwykłym klubem w szkole średniej Gekkoukan. W rzeczywistości jest to grupa uczniów, którzy badają zjawisko zwane „Ciemną Godziną” i eliminują istoty znane jako „Cienie”. Tylko wybrani jednostki z „potencjałem” mogą pamiętać o wystąpieniu Ciemnej Godziny, podczas gdy inni „przemieniają się” w trumny i stają się podatni na Zespół Apatii — stan, który wprowadza ofiary w stan przypominający trans i powoduje utratę woli do życia. Nowy uczeń Minato Arisato jest jedną z takich osób, które są w stanie pamiętać wydarzenia mające miejsce podczas Ciemnej Godziny, mimo że nie jest świadomy swojej zdolności. Po przybyciu do szkoły spotyka tajemniczą postać, która prosi go o podpisanie umowy, w której zobowiązuje się do ponoszenia odpowiedzialności za swoje działania. Niedługo potem zostaje skonfrontowany z członkami SEES, którzy poddają go tajnej obserwacji, ponieważ wierzą, że posiada potencjał znacznie większy niż którykolwiek inny członek. Jednej nocy Minato zostaje nagle obudzony przez Yukari Takeba, gdy Cień atakuje ich internat podczas Ciemnej Godziny. Czując przymus walki z Cieniem, chwyta pistolet Yukari, ale zamiast strzelać do Cienia, kieruje go na siebie, co prowadzi do przebudzenia jego „Persony”. Uzbrojony w swoje nowe moce, Minato dołącza do SEES, aby odkryć tajemnicę stojącą za tym enigmatycznym zjawiskiem.