Uczeń liceum Yuugi Mutou spędza dni na byciu ofiarą prześladowań między lekcjami, a noce na graniu w gry planszowe i rozwiązywaniu zagadek w swoim pokoju. Pasja Yuugiego do gier pochodzi od jego dziadka, którego sklep z grami służy również jako dom dla nich obu. Jednej nocy Yuugi udaje się rozwiązać Zagadkę Millennium, pozornie niemożliwe wyzwanie, które budzi jego wewnętrzną ciemność i przekształca ją w alternatywną osobowość: Yami Yuugi. Przemieniając się w bardziej odważną i niebezpieczną postać mimo swojej woli w chwilach wielkiego stresu, Yuugi zaczyna działać jako zemsty szukający stróż prawa, wyzywając prześladowców i złoczyńców do ryzykownych gier, w których porażka oznacza losy gorsze niż śmierć. Yuugi i jego alter ego zaprzyjaźniają się z niektórymi uczniami, którzy kiedyś go prześladowali, tworząc z nimi niełamalne więzi. Jednak grupa musi zmierzyć się ze złoczyńcami znacznie bardziej śmiertelnymi niż licealni hultaje, przeciwko którym pierwotnie się zjednoczyli, wrogami, którzy używają gier w niecnych celach i zagrażają samemu życiu Yuugiego i jego przyjaciół.