Gdy Naoya Toudou zostaje prowokowany do gry w dziecinną grę wróżbiarską zwaną „Persona”, ostatnim, czego się spodziewa, jest przywołanie dziewczyny błagającej o pomoc. Krzyki dziewczyny przytłaczają zmysły Naoyi, przez co budzi się w dziwnym miejscu istniejącym między świadomością a nieświadomością, gdzie przebywa tajemnicza istota. Przedstawiając się jako Philemon, nadaje mu zdolność używania „Persony” – istoty, która istnieje jako „inny ja” – zanim budzi się w szkolnej infirmerii. Chociaż przyjaciele Naoyi również pamiętają spotkanie z tą samą istotą, odcinają się od tego, gdy udają się do szpitala, aby odwiedzić swoją chorą przyjaciółkę, Maki Sonomura. Podczas wizyty Sonomura znika w trakcie operacji, a pacjenci w szpitalu nagle stają się wrogo nastawieni. Wypaczeni, członkowie grupy przywołują swoje Persony, które zaskoczenie odparują resztę napastników. Zaniepokojeni losem przyjaciela, grupa wyrusza na poszukiwania Sonomury, jednocześnie zbierając więcej informacji na temat niebezpiecznej sytuacji, w której się znaleźli.