Chozo, starożytny plemię ptasich obcych znanych z mądrości, odwiedzają kolonię Ziemi K-2L, która ma duże znaczenie dla Galaktycznej Federacji ze względu na swoje duże złoża minerału o nazwie Afloraltite. Old Bird, wybitny starszy Chozo, darzy sympatią odważnego ludzkiego malca Samus Aran. Choć Samus żyje w spokoju na K-2L ze swoimi rodzicami, ich stabilność zostaje zniszczona przez przybycie bezlitosnego Pirata Kosmicznego Ridleya i jego załogi potwornych obcych. Ridley morduje mieszkańców K-2L, ale Samus ledwo uchodzi z życiem. Old Bird i inni Chozo zabierają ją na Zebes, ich planetę macierzystą, i wychowują jak własne dziecko. Ze względu na surowe warunki na Zebes, Samus zostaje wzbogacona DNA Chozo, aby wzmocnić jej młode ciało. Jako młoda dorosła kobieta, Samus zyskuje sławę jako łowczyni nagród służąca Galaktycznej Federacji. Zmagając się z PTSD wynikającym z rzezi, której była świadkiem jako dziecko, Samus pokonuje śmiertelnie niebezpieczne siły obcych na całej galaktyce i dąży do utrzymania pokoju dla niewinnych istnień wokół niej.