Kobato Hanato, która jest przyjazna i szczera, żywi pragnieniem dotarcia do konkretnego miejsca za wszelką cenę. Aby osiągnąć ten cel, otrzymuje zadanie pomagania ludziom w chwilach kryzysu. Za każde naprawione złamane serce powstaje mały, przypominający cukierek fragment, który umieszczany jest w specjalnej butelce. Gdy butelka zostanie wypełniona, jej życzenie zostanie spełnione. Wykonując swoją misję wraz z towarzyszącym jej pluszakiem, Ioryogim, Kobato spotyka różnych ludzi zmagaących się z unikalnymi sytuacjami. Od dziecka borykającego się z problemami rodzicielskimi, przez licealistkę martwiącą się o miłość, aż po wszystkich innych – naturalnie słodki uśmiech i otwarta osobowość Kobato są gotowe rozjaśnić im dzień!