W pewnym mieście w Japonii serce jednej osoby delikatnie błyszczy ponad resztą — jest to pozornie dziwna i naiwna brunetka o imieniu Kobato Hanato. Choć wydaje się błądzić bez celu, ta dziewczyna o czystym sercu pragnie spełnić jedno cenne życzenie: dotrzeć do określonego miejsca. Aby jednak się spełniło, musi nauczyć się leczyć zranione serca ludzi i zbierać je w magiczną butelkę. Jednak świat może być mylący dla tak niewinnej dziewczyny. Jej towarzysz Ioryogi bywa dość surowy, ucząc ją zdrowego rozsądku, zwłaszcza że jest gadającym niebieskim pluszakiem psa! Na szczęście dla Kobato pewne urokliwe miejsce z kłopotliwą historią wydaje się — i może szuka — iskierki nadziei.