Black Jack to „niezarejestrowany” lekarz o mrocznej, tajemniczej przeszłości. Pracuje wraz ze swoją młodą asystentką Pinoko (która żywi do lekarza ogromne uczucie), zajmując się przypadkami medycznymi, które są niejasne, dziwne, niebezpieczne lub całkowicie nieznane. Jednakże jest on geniuszem, zdolnym do uratowania życia niemal każdego pacjenta (pod warunkiem, że mają oni na to środki finansowe), i jest znany wielu ludziom na całym świecie, szczególnie w dziedzinach medycyny i nauki. Jest człowiekiem nauki, sceptykiem, dopóki nie zobaczy dowodów, jednak często jest zaskoczony, gdy miłość i natura przewyższają naukę, na której opiera swoje życie.