Jest to kontynuacja oryginalnego Black Jacka, choć nie jest z nim bezpośrednio powiązana. Black Jack próbuje odkryć spisek stojący za jego udziałem w wypadku na polu minowym, który zabił jego matkę. Jednocześnie ujawnia sekrety dotyczące Organizacji i Projektu "Noir", w których uczestniczyli jego ojciec oraz inni wybitni lekarze...