Black Jack to "niezarejestrowany" lekarz o mrocznej, tajemniczej przeszłości. Pracuje wraz ze swoją młodą asystentką Pinoko (która żywi do niego ogromne uczucie), zajmując się przypadkami medycznymi, które są rzadkie, dziwne, niebezpieczne lub całkowicie nieznane. Jest jednak geniuszem, zdolnym do uratowania życia niemal każdego pacjenta (pod warunkiem, że ten ma na to środki), i jest znany wielu ludziom na całym świecie, szczególnie w środowiskach medycznych i naukowych. Jest człowiekiem nauki, sceptykiem, który wierzy dopiero po zobaczeniu dowodów, ale często zdumiewa go siła miłości i natury, które przewyższają naukę, na której buduje swoje życie.