W latach 60. utalentowany młody student medycyny próbuje zbudować swoją reputację. Kuroo Hazama to powściągliwy młody człowiek o charakterystycznych czarno-białych włosach, ciele pokrytym bliznami i mrocznej przeszłości. Choć jest jedynie studentem medycyny, jego umiejętności chirurgiczne zaczynają przyciągać uwagę po przeprowadzeniu operacji, która wydaje się niemożliwa. Wspólnie z pełną energii i szczerym stażystką Maiko Okamoto oraz Yabu, bliskim przyjacielem z kłopotliwym życiem, Hazama poświęca się dziedzinie medycyny. Jednak jego droga do zostania szanowanym chirurgiem jest trudna, gdy zamieszki studenckie, wojna i korupcja pochłaniają Japonię. Hazama wkrótce znajduje się w centrum serii niecnych okoliczności, które testują jego osobistą integralność i drogę do zostania chirurgiem. Young Black Jack opowiada historię człowieka zdolnego do dokonywania nie do pomyślenia wyczynów medycznych oraz podróży, która prowadzi go do tego, by stać się legendą znaną jako Black Jack.