Po powrocie z wakacji uczniowie klasy 3-E w prestiżowej szkole średniej Kunugigaoka stają przed niemożliwym zadaniem. Konfrontowani z możliwością zagłady świata, muszą wymyślać coraz bardziej skomplikowane i kreatywne metody, aby zabić swojego nauczyciela, sprytnego, ale optymistycznego i pomocnego Koro-sensei. Jednakże eliminacja Koro-sensei nie jest jedynym celem, którym muszą się martwić. Gakuhou Asano, bezlitosny i okrutny dyrektor szkoły, dąży do zapobieżenia sukcesowi klasy 3-E, umyślnie programując swoich innych pracowitych uczniów na bezwzględnie konkurencyjne maszyny do nauki. Wrogość zaczyna unosić się w powietrzu, gdy zdrajcy i zabójcy próbują przejąć nagrodę za głowę Koro-sensei dla siebie. Nagisa Shiota, jeden z najbardziej utalentowanych zabójców klasy 3-E, znajduje się w samym środku konfliktu. Podczas gdy stara się utrzymać swoją pozycję akademicką i zapobiec końcowi świata, sprawy domowe zagrażają jego miejscu w klasie 3-E. Razem z oddanymi kolegami z klasy musi teraz stawić czoła zagrożeniom twarzą w twarz.