Pośród gór, niedaleko prestiżowego Gimnazjum Kunugigaoka, stoi mały, zrujnowany budynek, który służy za dom dla delikwentów i opuszczających szkołę uczniów klasy 3-E. Pogardzani przez rówieśników, uczniowie tej klasy wydają się mieć niewielkie nadzieje na awans w karierze akademickiej. To się jednak zmienia, gdy rząd krajowy powierza im zadanie eliminacji największego zagrożenia dla ich planety: ich nowego nauczyciela. Po zniszczeniu Księżyca, profesor przypominający ośmiornicę – przezwany „Koro-sensei” – zagroził teraz zniszczeniem Ziemi do marca następnego roku. W obliczu swojej misji uczniowie odkrywają, że zabranie mu życia jest łatwiej powiedzieć niż zrobić. Nie tylko Koro-sensei może poruszać się z prędkością do Macha 20, ale także wytrzymać niemal każdą ziemską broń. Ironią losu jest to, że okazuje się on również jednym z najlepszych nauczycieli, jakich kiedykolwiek miała klasa 3-E. Trenując klasę, aby wybitnie radziła sobie zarówno w nauce jako uczniowie, jak i w umiejętnościach jako zabójcy, Koro-sensei jest przekonany, że pomysłowość i niezłomna wola jego uczniów mogą powrócić do głównego kampusu. Poprzez próbę i błąd Nagisa Shiota wraz z innymi uczniami klasy 3-E musi odkryć słabości Koro-sensei – i to szybko, bo od tego zależy los świata.