Pewnego dnia klasa 3-E Szkoły Magii Kunugigaoka otrzymuje specjalną misję: zabić swojego nauczyciela, Króla Demonów Koro-sensei. Aby zwiększyć swoje szanse na sukces, klasa szuka trzech najpotężniejszych wojowników — Karma Akabane, Itona Horibe i Ritsu, którzy dołączają do ich szeregów. Nawet z ich pomocą wykonanie misji okazuje się zadaniem nie do ogarnięcia, ponieważ nie są jedynymi, którzy polują na Króla Demonów. Koro-sensei Quest! przedstawia komediowe przygody Nagisy Shiota i klasy 3-E jako chibi magicznych uczniów. Szkoleni przez samego ich cel, uczniowie stają w obliczu trudnych, a zarazem śmiesznych sytuacji podczas niebezpiecznej misji pokonania Króla Demonów.