Świat potrzebuje bohaterów. Akademia Magiczna Kunugigaoka może poszczycić się zaszczytną historią wychowywania największych bohaterów królestwa. W związku z tym uczniowie są poddawani niezwykle wysokim standardom. Gdy grupa uczniów stale nie spełnia tych oczekiwań, staje się celem drwin, pogardy i dyskryminacji w ramach klasy „E”, czyli klasy końcowej. Zanim zdążą się poddać, przed klasą nagle pojawia się Król Demonów. Wyjaśnia, że ich dziwne, ukryte zdolności, które wydają się być przyczyną ich porażek, są w rzeczywistości znakiem, że wszyscy oni są wyjątkowymi jednostkami. Wrogi ludzkości ogłasza również, że będzie pełnić funkcję nauczyciela prowadzącego klasy E z jedynym celem: wychowania ich na bohaterów zdolnych go zabić. Pod nadzorem tego niezniszczalnego nauczyciela, Koro-sensei, oraz kapitana Królewskich Rycerzy, Tadaomi Karasumy, klasa E wyrusza w ostateczną podróż. Mimo oporu swoich wrogów – takich jak Pięciu Wirtuozów, Papież i różne potwory – uczniowie muszą nauczyć się, jak zabić swojego nauczyciela, Wielkiego Złego, osobiście.