W futurystycznym świecie Imperium Maruhage to militarna organizacja dążąca do kradzieży włosów wszystkich ludzi, a tym samym ich wolności. Jednakże odważny mężczyzna o złotym afro i stalowych włosach w nozdrzach powstaje przeciwko ich tyranii. Bobobo-bo Bo-bobo, wyszkolony w sztuce włosów, ratuje nastolatka o imieniu Beauty od podwładnych Imperium Maruhage. Razem wyruszają w podróż, aby pokonać cesarza Tsuru Tsurulinę IV. Podczas gdy Bo-bobo zyskuje nowych przyjaciół i walczy z wrogami w drodze, rozpoczyna również swoją misję ratowania wszystkich włosów na świecie! Lekka i komediowa, Bobobo-bo Bo-bobo opisuje szaloną przygodę, w której Bo-bobo i jego towarzysze walczą z różnymi złoczyńcami i dewiantami w Imperium Maruhage, jednocześnie bawiąc się i przeżywając ekscytującą przygodę.