R.D. to kurier pracujący dla firmy Mach Storm, aby zarobić pieniądze na poszukiwania legendarnego Alpha Zoida, Zoida, o którym usłyszał plotki od swojego ojca i w którego gorąco wierzy. Mach Storm działa również jako drużyna walcząca Zoidami. Podczas pierwszej walki Zoidów w Kolizeum R.D. napotyka drużynę zdolną do łączenia Zoidów. R.D. szybko odkrywa, że posiada Zoida, który może się obliczeniowo łączyć z jego własnym Zoidem, Liger Zero. Po tym wydarzeniu przygoda R.D., mająca na celu odkrycie prawdy o Alpha Zoidzie, się zaczyna.