Zoids, potężne bojowe mechony w kształcie zwierząt, nie są już używane w wojnach, lecz w zorganizowanych zawodach sportowych. Blitz Team, grupa pilotów walcząca o miejsce w ligach walk Zoids, ma szczęście, gdy Bit Cloud, włóczęga i handlarz złomem, trafia do ich grona i okazuje się zdolny do pilotowania kapryśnego Liger Zero, Zoida, który nie pozwala nikomu innemu wejść do jego kokpitu. Pod wodzą Bit i Liger, Blitz Team stopniowo awansuje na szczyt – ale w trakcie drogi przyciąga niechcianą uwagę Backdraft Group, organizacji pilotów Zoids działającej poza prawami ustanowionymi przez Komisję Walk Zoids. Backdraft chce zdobyć potężne Zoidy, by wzmocnić swoje szeregi, a ich oko spoczywa na Liger Zero...